Las frecuencias del procesador van variando tu lo que pones es un límite de frecuencia máxima que en este caso es 2649Mhz.
Entonces si tu por ejemplo estas en el launcher el procesador trabajará en frecuencias bajas pero si te pones a jugar o hacer una tarea que suponga estrés para el procesador las frecuencias subiran hasta el límite que tu hallas definido en este caso 2649Mhz.
Y si quieres subir las frecuencias a más de 2649Mhz tendrías que flashear un kernel para tu modelo (recomiendo que no lo hagas puesto que te veo verde en este tema)
Y con el tema de la batería pasa en todas las rom basadas en lagwiz (touchwiz) antes hice una reflexión por su te interesa leerla.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1070814