A mí me pasaba el mismo problema con "wire" y se puede solucionar de dos maneras distintas.
La primera de ellas es como dices, eliminando "wire" del diccionario de Swype, pero como dices que no quieres borrarla, pues nada.
La segunda opción es hacer un recorrido diferente al teclear "que" para que no se confunda con "wire", ya que sólo se confunde con "wire" si tecleamos "que" haciendo el recorrido directo entre la "q", la "u" y la "e".