Hace tiempo que android no usa el almacenamiento masivo en la memoria interna. Lo hace por MTP.
Si usas windows solo tienes que tener activada la opcion de MTP en ajustes /almacenamiento (tres puntos de arriba) conexion USB a ordenador (solo esa)
Y en equipo debería de aparecerte el Nexus 6 en equipo.
PD: si te sale pero no te deja entrar al nexus 6 es por que lo has conectado y no lo has desbloqueado (tienes un patrón, pin o contraseña) Cuando lo conectas al ordenador hay que desbloquearlo por seguridad, cada vez que lo conectas al principio para entrar.