No creo que android lleve perl, ni se que se haya portado (probablemente si pero necesitarías root).
Más bien estaba pensado en un script bash (o como se llame, esto no es lo mío). Puedes cambiar el nombre de los archivos de una carpeta ejecutando: mv *.jpeg *.jpg (supongo), solo faltaría hacer que el script bash recorra todas las carpetas, eso no se ahora mismo cómo se hace pero doy por hecho que lo encontrarás en cualquier manual de programacion de script unix.