Me respondo por si le sirve a alguien. La solución es darle formato a FAT32 con el programa FAT32 Format. Ahora me la reconoce sin problemas en los dos sistemas.
Lo podéis leer y descargar en este enlace:
http://techdesktop.blogspot.com/2011...ws-vista7.html
Eso si, en windows 7 me funcionó sin problemas pero no se si será compatible con windows 8 y posteriores.
