Las gapps tienen un mecanismo de backup al instalar una rom. Para borrarlas por completo, tienes que hacer wipe system, que es un formateo de la partición de sistema.
Las diferencias de autonomía que comentáis a mi no me pasan en mis pruebas. A raíz de eso he encontrado una posible causa de por qué a algunos os dura poco la batería con el kernel stock (cuando a otros no nos pasa), así que voy a subiros un boot.img para que lo probéis.
El parpadeo del led de notificación es un problema de cm, no del kernel. Si te pasa con uno y no con otro, es pura coincidencia. Es un bug bastante aleatorio.
El problema de la exposición durante la grabación de vídeo es por el thermal control. El kernel xcelerate pone un sólo límite a 75ºC, lo cual desde mi punto de vista es una burrada ya que si algún proceso se engancha puede freiros el móvil (y la mano). Siempre puedes desactivar tú manualmente el thermal control cuando vayas a grabar un vídeo, y luego reactivarlo.
De la duración de batería, lo que ya he comentado, creo que está relacionado con los datos en reposo, voy a subir un boot.img para ver si soluciona el problema que algunos tenéis.
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Aquí tenéis el boot.img de prueba, mirad si con esto dejáis de tener problemas de batería (u otro tipo, como lo de la exposición de la cámara). Podéis instalar el img directamente desde twrp o también desde fastboot.
Boot.img test:
https://www.androidfilehost.com/?fid=24052804347815693