Especifico un poco mas para ver si me das alguna pista (algunas veces uno se bloquea en lo mas tonto y la solucion esta delante de las narices, jeje).
La he decompilado, pasado por la kitchen, deodexada aparte de la kitchen, etc. etc. La he vuelto a compilar en Ubuntu con make_etx4, he creado los .dat y el transfer.list... y cuando la flasheo por TWRP me da todo OK, pero al reiniciar no ha flasheado nada.
He vuelto a hacerlo todo desde cero, solo modificando el texto de la versión en el build.prop para comprobar que flashea correctamente, y desde fasboot me dice que "invalid sparse file format at header magi", y ahí se queda.
En Ubuntu he pesado la carpeta system y le he añadido 40 mb. más, el parámetro -l 1850M. Todo Ok, y cuando lo paso por simg2sdat me saca esos 40 mb. en blocks vacíos.
El system.img resultante lo reviso con Ext2explore y está OK, todas las carpetas están ahí. Y al revisarlo en Ubuntu con "file" me dice que es EXT4.
Es evidente que en algo me estoy equivocando, incluso he mirado con cat/partitions y con dev-by-name y la partición system es la correcta en TWRP, hasta la tengo localizada en mmcblk0p040.