La tarjeta SD tiene una particion en ext4 para los datos de Android (que si que estará en NAND seguro).
Puedes clonar la tarjeta usando un PC con linux (ubuntu vale) y el GParted.
Tambien puedes hacer una SD con particiones nueva (como está explicado en la NANDROIPEDIA) y cuando arranques Android será como si lo hicieras por primera vez, estará limpito y reluciente.
Suerte