Prueba a ver si te soluciona esto:
Ajustes->Sonidos y notificaciones->Notificaciones de aplicacion->Whatsapp y en definir como prioridad desactivalo
Sino en los propios ajustes de Whatsapp tienes en la pestaņa Notificaciones lo de las Notificaciones emergentes, ponlo en Nunca monstrar ventana.
Un saludo.