Yo uso la versión 1.17 de busybox. A ver si va a resultar que la 1.18 es incompatible.
Con el sistema arrancado y el root explorer o similar, ¿en /system/sd ahora ves algo?
Si no ves nada, por alguna razón no se monta la partición. Podría ser:
1.- La partición está mal hecha.
2.- No te funciona el módulo de autostart y no se carga el 06apps2sd de /system/etc/init.d
3.- La instalación del parche apps2sd_full.zip no se hace correctamente.
No se me ocurren más motivos.
Ahora que tienes aplicaciones en la partición ext2 de la SD, puedes probar, antes de restaurar tu copia, mi copia de Nandroid. Ahí seguro que está todo bien configurado, por lo que en teoría deberías ver las aplicaciones que ahora tienes en la partición ext2 de la SD. Si no las ves, es un problema de la partición.
No se me ocurre nada más, lo siento.
EDITO: Cuando dices que el teléfono te dice que tienes 60 megas libres. Eso sí es muy muy raro. ¿No se han copiado todas las aplicaciones, solo algunas? ¿Has tenido algún reinicio inesperado? ¿Tienes hecho overclock?