Ya lo he solucionado. Me ayudo el cocinero Duni. Resulta que la particion del zip de la rom era diferente al del zip que creaba yo, pero vanos cambiando un numero en el updater script se ha solucionado. Ahora me flashea pero no me hace los cambios, es decir, si yo csmbio el google play music que es el reproductor que viene por defecto por el apollo, aunque lo llame igual no lo instala y las apps que borro de system app siguen estando. Por ejemplo, borro noticias y tiempo y cuando flasheo la rom y arranca y voy al cajon de aplicaciones ahi esta.
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