El flashtools se utiliza con el móvil apagado y sin batería al principio, abres el flashtools, seleccionas el scatter de la rom que quieras flashear, selecciona la opción firmware update y le das a download es entonces cuando conectas el teléfono apagado todavía al pc, te reconocerá móvil y cuando acabe de instalar los drivers del modelo encontrado empezará a flashear.
Aquí te dejo un enlace a un tutorial
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=477887