Ese error te lo da porque hay instalado una librería en el sistema que difiere en versión de la que estás tratando de instalar.
Nunca me ha pasado, de hecho en una app he sobreescrito a librerías que están presentes en el sistema y me ha funcionado perfectamente, ya que las lee desde mi app y no desde el sistema.
Si tuviese que apostar diría que es porque estáis usando el soporte MultiDex, y al intentar instalar por separado y no dentro del propio classes.jar a librerías existentes casca.
Prueba quitando el soporte MultiDex, y si sigue fallando, quitad el "commons-net", que creo que debe ser el culpable al intentar machacar las librerías Apache del sistema.