Yo flasheo desde Windows 10 64 bits y, de momento, ningún problema, aunque actualmente estoy flasheando roms Lollipop, no he probado esta última KitKat de Agosto.
El procedimiento para instalar drivers y demás es exactamente el mismo que con Windows 8/8.1 (deshabhilitar el chequeo de firma digital en los drivers) y ya te digo, de momento, ningún problema.
Hay que tener cuidado a la hora de seleccionar la forma de flashear la ROM con FlashTools, si vas a flashear diferentes versiones pero de una misma versión de Android (es decir, si estas en KitKat y vas a flashear diferentes ROMs KitKat o si estás en Lollipop y vas a flashear diferentes ROMs Lollipop) debes usar siempre el método "Download Only".
Si estás en Kitkat y vas a pasar a Lollipop o viceversa, hay que usar "Firmware Upgrade".
NUNCA uses el método "Format All" ya que perderás los IMEIS del móvil (entre otras cosas) y luego tienes que andar con trucos para recuperarlo (y ya, cada vez que actualices los pierdes siempre).
Este método es el último remedio cuando algo ha ido mal. A mi padre por ejemplo, se le bloqueó el Windows en mitad de un flasheo (se recomienda flashear en ordenadores limpitos de virus y esas cosas por cierto :P) y no respondía con ningún método, detectaba el móvil pero en el momento de comenzar el flasheo el FlashTools se bloqueaba y lo solucioné usando el método "Format All".
saludos!