pues mira que es raro, yo nunca he llevado whatsapp con el candado puesto con el mi4 y me llegan las notificaciones perfectamente, si no es problema de la rom, ya si que no entiendo de que puede ser el problema.
Pensaba que era problema de la rom o que si llevabas una china ( o la de xiaomi.eu del 20/8 que es anterior a la salida de la global), lo mismo no tenias bien instalado los servicios de google, que creo que gran parte de las notificaciones push van por ahí(corregirme si me equivoco).
No se si has echo el backup con el titanium, quizá sean los datos de tu aplicación de whatsapp si llevas muchas veces haciendo copias de seguridad puede que cree conflicto, por eso que he comentado o porque sean datos de una versión muy antigua( son todo suposiciones

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Otra rom que me funcionó bastante bien fue la smiui->
http://xiaomi.eu/community/threads/r...ot-more.25985
Es muy raro que te esté pasando con todas las roms que instalas