Instalación limpia quiere decir borrar datos de usuario y borrar la memoria interna por completo.
Obviamente si no sacas las fotos ni nada de la memoria interna a formatearlo lo pierdes.
El backup te digo que lo hagas por si las moscas, pero no recomiendo restaurar un backup de Kit Kat en lollipop.
Si simplemente vas a actualizar de una versión antigua de kitkat a la última estable de Kit Kat, no marques la opción de borrar datos y no perderás nada, conservaras absolutamente todo
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