Me autocontesto.
SOLUCIONADO.
Resulta que tenía en la raiz de la microsd un fichero llamado .nomedia que le dice a la galería y al reproductor de música que no busquen material ahí. Normalemente dicho fichero tiene que esta en algun subdirectorio en el que no quieres que se escanee material (por ejemplo el de una aplicación para que sus iconos e imágenes no se añadan a tu galería).
Por alguna razón que no me explico ese fichero ha aparecido en la raiz de mis dos microsd, simplemente con eliminarlo solucionado el problema.
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