Llevo años funcionando con 2 SIM de la forma que comentas y no hay ningún problema.
El teléfono coge los datos de donde los tenga: o de la SIM de voz, o de otra SIM sólo para datos o del wifi.
Mi número de toda la vida (el que doy a mis contactos), sólo tiene voz y el whatsapp lo tengo con ese número.
Aparte tengo otra SIM con los datos (que además usa otra red de cobertura) y los mensajes me llegan todos.
Si no, piensa en cuando ponemos wifi, los datos se deshabilitan y los mensajes siguen llegando.
Como dije al principio, el telefono coge conexión de donde pueda y la utiliza, da igual qué SIM tengas registrada con whatsapp.
Un saludo.