Tienes dos opciones.
1-Haces lo mismo que si tuvieras un SD y borras todo, luego desde el recovery twrp puedes conectarte por ordenador, pasar lo que quieras flashear a la memoria interna y flashearlo o con un pendrive flashear desde el (lo menos recomendable)
2-hacer un factory reset desde el recovery sin borrar la interna, flashear lo que quieras, iniciar y hacer un factory reset desde nos ajustes/copia de segurida borrando todo luego.