A mi cuando flashee por primera vez me paso algo parecido a lo que te pasa a ti.
Yo instale Resurrection Remix (Android 5.1.1) y la primera vez que la tuve, pues cuando dejaba el movil en la mesa en "reposo" literalmente se dormia, y el wifi se desconectaba (lo veia en la linea de la bateria).
Lo arreglé haciendo:
1 - Flasheando de nuevo la rom y las gapps
2 - wipe dalvik
3 - wipe cache
4 - wipe data
Hice eso y se soluciono de manera... mágica
La verdad es que se soluciono y por ahora todo bien!