Hola. Pues te diría que lo mejor es hacerlo desde la stock limpia pero siempre puedes probar y comentarnos que tal.
Si lo quieres aplicar desde tu rom, primero descongela todas las apps de sistema ya que ejem el flasheo se borran algunas y aunque no debería, quizá de algún problema.
Luego realiza un backup de tu estado actual con twrp por si hubiera algún problema después de flashear.

Y ya te digo que después de todo si te va bien haznoslo saber ya que nunca hice pruebas desde una rom ya empezada y con sus apps.
Un saludo