A ver si te soluciono las dudas!
Desde flashtool puedes instalar roms oficiales de sony con extensión .ftf y los .zip se instalan desde recovery.
Para tu caso, no hay manera de instalar una rom preroot sin bajar a la versión .93 (q es kitkat), hacer root e instalar recovery, una vez hecho instalas el zip desde recovery; pero de todas formas no tienes manera de no perder nada si haces root.

Conclusión, si quieres root en Android 5.1.1 tienes que bajar a Android 4.4.4, si te da igual no tener root, puedes instalar la versión ftf con flashtool y desmarcar el wipe de data.