También tengo Note 3 con lollipop y me pasa igual, aunque últimamente se ha quedado estable, cuando se desconecta del bluetooth se conecta en remoto, pero no se vuelve a conectar él sólo por bluetooth.
La opción más rápida para la reconexión es en la conexión por bluetooth del móvil, en los ajustes de la conexión con GEAR S activar el audio de llamada. Saludos y si alguien encuentra la solución que lo publique gracias.