Pues hace un rato he intentado volver a encenderlo, y desde entonces está funcionando sin problemas, he probado a apagarlo y encenderlo varias veces y no he tenido problemas, ni idea de que ha pasado, pues el wipe lo hice hace muchas horas y desde entonces, por mucho que probara no encendía.
En cuanto a la memoria está completa, o eso creo (unos 12gb libres con lollipop). Supongo que si instalo una custom ROM volveré a tener el problema, pero de momento no lo haré, y si lo hago y se da el problema probaré con la solución de marpe.
Mi única preocupación es que, ahora mismo,siga habiendo algo "raro" con las particiones y se desaproveche espacio. A ver si alguien me puede resolver la duda.
Así que solucionado el problema, muchas gracias a todos por la ayuda!!