Instalaste el Autokiller en la CM7? Si es así tiene toda la pinta que te quedó configurado en un modo agresivo. Si no siempre puedes volver a instalarlo y rebajar el grado de agresividad del sistema a la hora de cerrar aplicaciones inactivas. Otra opción podría ser meter el whatsapp en la carpeta system, creo que eso evita que los taskillers puedan cerrarla aunque no estoy del todo seguro.