Que tal amigo.
Soy fiel usuario del Moto X y te puedo decir que el cambio va para bien. Si dices que ya lo compraste, te recomiendo te mantengas con el S6, aunque claro, si estuvieras en la decisión de "¿me compro el s6 para cambiar mi moto x?" diría que no.
La camara del S6 es claramente mejor, aunque el software es lo que siempre no cae bien en los Samsung. No vas a notar diferencias en el rendimiento, aunque eso sí... creo que eventualmente el S6 va a tener más comunidad de desarrollo, por lo que podrás meterle mano mejor de lo que haces con el Moto X.
Respecto a la batería, no he podido probar un S6, pero la del Moto X me ha dejado bastante decepcionado. 3 horas de pantalla si bien me va. Creo que ahí si podrías tener un pequeño salto.
En resumen, yo me quedaría con el S6 si ya lo tienes, aunque el salto de uno a otro no valdría la pena para comprarlo.