Vayamos por partes:
1) Para instalar la actualización OTA en una tablet con custom recovery tienes 2 opciones:
- Una vez descargada la actualización, flasheas el stock recovery y desde Android le das a que actualice. La tablet se reinicia sola en recovery e instala la actualización. Por lo que dices es lo que has hecho, pero no sé si de esta manera y en este orden.
- Cuando descargas una actualización OTA no es más que un fichero zip firmado, con la estructura habitual de los paquetes instalables. El sistema lo guarda en la caché. Sólo deberías copiar el fichero, con Root Explorer por ejemplo, a la memoria interna o externa. Reiniciar en recovery e instalar normalmente como cualquier zip. Hay un par de excepciones: si has modificado ficheros de sistema puede ser peligroso (no es tu caso) o si es un paquete de instalación anidado (que creo que no lo es).
2) Después de actualizar, los recoverys que he ido poniendo son semi-funcionales. No podréis instalar algunos paquetes. Esto se debe a que ha cambiado la forma de montar algunas particiones como la caché. Creo que podréis hacer backups y restores, si sólo ha cambiado la forma de montar la caché. Evidentemente, esta partición no la podréis montar y por consiguiente ni "backupear" ni restaurar. Estoy un poco liado, pero a ver si esta semana cojo el firmware de BQ (boot.img y recovery.img) lo desempaqueto y miro como se montan ahora todas las particiones. Una vez hecho esto podría compilar un TWRP y un Philz para que sea compatible con la última actualización. Y la verdad es que quiero probarlo, porque quiero ver si el TWRP soportará NTFS.