Si guardas automáticamente en la SD las fotos, y las fotos se te están borrando solas de la SD ya tienes claro al culpable, yo he visto esos casos muchas veces en tarjetas microSD de baja calidad (sin marca) o tarjetas que se compran por internet en distribuidores no conocidos tales como Aliexpress o eBay de "marca" que resultan ser mas falsas que los euros de madera, saca los datos y formatea la SD de nuevo en Fat32 y si te vuelve a pasar algo parecido, si es de aguna tienda conocida y tienes factura tira de garantía con ella sino te va a tocar comprar otra SD.