Te recomendaría stock 5.1 ya que respecto a 5.0 se mejoraron puntos interesantes, y de ahí ya depende de ti si añades root y demás.
Las custom... Ya que vienes del Moto G 2013 como yo, te diré que en el X 2014 van muy bien las custom mejorando un poco el tema de batería y prácticamente ningún bug o si lo tiene no es notorio por así decirlo.
Así que ya está dicho un poco de lo que ya sabes que debes hacer que es probar por ti mismo xd pero ya mínimo tienes una idea.
Respecto a diferencias entre customs, no sabría decirte ya que no he probado mucho, pero es mas de lo mismo es decir; cyanogen y las basadas en ella que agregan mods y demás.
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