Tenia el mismo problema , lo acabo de solucionar , cuando terminas de poner los comandos en el terminal emulator y te actualiza los binarios el supersu no tenes que reiniciar , tenes que abrir alguna aplicacion que necesito root y permitirlo con el supersu , y despues recien ahi si queres reiniciar , saludos y suerte
Pd : Tengo una duda , tengo instalado el recovery ,soy root con supersu , pero no puedo instalar el xposed ,alguno me pasa algun link o tutorial para instalarlo en el sony xperia zl por favor