El color del led lo gestiona cada aplicación por ella misma en las opciones del programa en sí, de manera que para seleccionar el color del led para Telegram por ejemplo.. pues debes de entrar en las opciones de configuración de Telegram y ahí seleccionar el color del led cuando haya notificaciones.
Lo de las notificaciones en pantalla está camino de resolverse en próximas actualizaciones.