Ese problema se soluciona desactivando el reconocimiento de voz de Google now.
Habéis habilitado el reconocimiento del comando OK Google, en cualquier aplicación en lugar de solo en la de Google now, y el micrófono entonces no está disponible para ninguna aplicación que use el micro a excepción del teléfono.
No sólo os va a pasar con WhatsApp, también con Skype, hangouts, etc..