Ahora que lo dices, dependiendo que algunos temas también te modifican algunas apk de system/app
y archivos de /system/media

Pa que no vengas a buscarme
lo que yo suelo hacer

Descargo el tema
Abro el zip sin descomprimir para ver que leches voy a meter
Con root explorer, me copio todos los archivos que vaya a sustituir en la sdcard y me creo el update.zip de respaldo
Y ya teniendo los 2 pues flasheo

Esto cuando tengo tiempo, si se que voy a enredar mucho pues me creo un update.zip con prácticamente todos los archivos que se suelen sustituir normalmente, por si aca