Lo que tú me preguntas son cuestiones muy específicas del Android y lo que yo tengo son unos conocimientos muy rudimentarios sobre el funcionamiento de los sistemas operativos.
Hasta donde yo sé, la gestión de las prioridades de los procesos depende del sistema operativo exclusivamente. Cuando se lanza un proceso nuevo, no se carga directamente en memoria el código, se crea lo que se llama un bloque de proceso que contiene la información necesaria para poder monitorizarlo. En una primera instancia el bloque contiene poca información, apenas un identificador, un par de punteros y una variable de estado que indica si el proceso está listo para ser ejecutado, en espera, muerto... etc. En función de ese estado el organizador de procesos lo coloca en la cola correspondiente y pasa a ser manejado por el organizador asignado a dicha cola. A medida que va pasando por las distintas colas (corto-plazo, medio plazo y largo plazo) la información contenida en el bloque se amplia. Por ejemplo cuando llega a la cola de corto-plazo, el "dispatcher" es el que decide cuando tendrá acceso a tiempo de computación (a groso modo serían los procesos que ves cuando lanzas el administrador de tareas). Sí este proceso en un momento dado tiene que esperar por un dato externo o cambia su prioridad (por ejemplo si el usuario abre otra aplicación en primer plano), el proceso se mueve de la cola a corto-plazo a la de medio-plazo (lo que en Windows sería la memoria virtual y en Linux la swap). Esto todo en tiempo de ejecución.
Por lo que me comentas, yo entiendo que lo que puedes hacer es variar parámetros de comportamiento del sistema (lo que hace el Autokiller). Quizá incluso puedas hilar más fino y modificar las prioridades de los procesos propios del sistema porque son conocidos pero en el caso de las aplicaciones de usuario no sé si se prodrá. A fin de cuentas hasta que la aplicación no se ejecuta no se sabe nada de ella. Personalmente no creo que se pueda llegar a esos niveles porque se podría comprometer el funcionamiento del sistema o permitiría que una aplicación de usuario se "impusiese" sobre el propio sistema contra el que corre. En cualquier caso es pura especulación porque, sinceramente, mis conocimientos no me dan para más
