Hola
¿Que problemas te da o que error?. Pudiera ser que si restauras App's as ddatos quizas si te de problemas, pero si solo lo haces de las App no lo creo. Prueba a hacer una cosa. Dentro de la carpeta de tu SD llamada rerware encontraras un directorio con los .apk que se corresponden a tus aplicaciones. Prueba a copiarlos y ejecutarlos con algun explorador de archivos o instalador y nos cuentas. Yo creo que asi no deberia de darte problemas. Eso si, son las App como si las instalases del market, asi que iran sin datos o progresos guardados.
Saludos