Creo que es al reves.
Al ser una actualización y al hacerla por kies, pueden haber problemas si se hace con lagfix. Sin embargo cuando es una instalación limpia con odin te cambia el filesystem por rfs con lo cual no hace falta desactivarlo.
La verdad es que yo nunca actualizo, siempre hago instalación limpia, pero lo desactivaría por si acaso, no se pierde nada.