Todo depende de como lo estés planteando, suponiendo que uses el query normal y corriente en lugar del rawQuery, tendrás algo parecido a esto:
query(String table, String[] columns, String selection, String[] selectionArgs, String groupBy, String having, String orderBy, String limit)
Lo único que tendrías que hacer es modificar el parámetro "selection" y "selectionArgs" según los criterios que marque el usuario y luego llamar el método "query".