La aplicación Superusuario solo sirve para condecer acceso root a las aplicaciones que lo soliciten (por ejemplo Root Explorer). La primera vez que inicies una aplicación que solicite root te saldrá una ventanita de Superusuario con 2 botones para permitir el acceso o no.
Desde ese momento esa aplicación tendrá acceso root, y se lo podrás quitar desde la aplicación Superusuario. Para cualquier aplicación que necesite root tendrás que darle a Aceptar al menos la primera vez que la inicies.