Aquí otro con el problema de system no responde. :|
Tras buscar mucho y con pocas ganas de restaurar de fábrica, encontré esto y funcionó:
Encender el terminal y presionar repetidamente cualquiera de las teclas físicas que tenga el terminal como si no hubiera mañana. Eso hará que la aplicación de Xposed se desactive de inicio. Una vez hecho eso, borrad la aplicación del OP, que en este caso es la que da los problemas, aunque esta solución os puede servir cada vez que alguna app que utilice un modulo y se quede colgada en el reboot.
OP, pon esta opción en el primer post para que la gente que tiene problemas no reinicie de fábrica a lo tonto.