Una vez instalado en windows deberás de acceder a la carpeta C:/flashtool/drivers e instalarlos para que te reconozca el teléfono ;)
Otra cosa, el modo fastboot es solo para boot abierto (para cambiar stock kernels por custom kernels).
Para flashear una rom stock debes de enchufarlo en flashmode cuando flashtool te lo pida (con el teléfono apagado, enchufarlo mientras presionas el botón físico de bajar volumen)
PD: estas en windows 8?