Respuesta sencilla y concreta:
No tienes Root, aunque Root checker te diga lo contrario.
Por que: Casi todo Xperia, o al menos hasta donde yo recuerdo; requiere de algo llamado RIC Killer, para detener algo llamado RIC Service. Sin esto no tienes root. El
XZDR (Xperia Z Dual Recovery) es todo en uno, pues es hasta 3 recoveries en uno y usa el RIC Killer para mantener funcionando el acceso Root. Como no tienes root no puedes modificar/eliminar nada en el sistema.
Root Checker no sirve
para nada; siempre dira que tienes root aunque vea la app de SuperSU o alguna otra de gestion de permisos. La prueba real de saber si tiene root es con root explorer eliminar o modificar algo en el sistema.
Cual es la solucion? Haz root real: Regresa a 4.4.2 (se rootea e instala recovery en un paso) e instala cualquier ROM pre-rooted de 4.4.4 o Lollipop. Kingoroot no es efectivo; echale un vistazo a aqui:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1000714