Parece que ya lo he solucionado. He hecho unos flasheos más y ya tengo SuperSu instalado con los binarios actualizados y sin rastros de Kinguser.
Por lo difícil que fue desinstalar Kinguser creo yo que no deberían confiar en ella. Como dan22 dice, es muy fácil rootear el Nexus con SuperSu y mejor así no instalas aplicaciones chinas raras... Aunque sea ya aprendí la lección.