la sd_interna solo se usa de almacenamiento, si la formateas pierdes la fotos datos de algunas aplicaciones y aquellas aplicaciones o juegos que hayas pasado a la sd interna el resto del sistema y aplicaciones permanece intacto, salvo que ademas restablezcas a los valores de fabrica en Ajustes->Privacidad->Restablecer datos de Fábrica, con esto dejas la ultima rom que tengas pelada como si estuviera nuevo el telefono.
Si ademas formateas las SD interna y externa telefono como sacado de la caja, con la ultima rom que la tuvieras puesta eso sí.