Acabo de descubrir una manera para que se quite el aviso del mensaje recibido cuando ya estaba leído, para los que teníamos este problema.
1-Hacer una copia de seguridad de los sms, yo lo he hecho con el SMS Backup & Restore descargado en el Market, es gratuito.
2-Borrar todos los sms que tengamos guardados en el móvil.
3-Restaurar la copia de seguridad de los sms.
Y ya está aviso fuera, desapareció.
Espero os sirva de ayuda.