No valen, no. Las del S6 son específicas para nuestro móvil, igual que las del Note 4 son sólo para él.
Existen alguna diferencias entre una y otra. Las del S6 son algo más ligeras, llevan un puerto USB y ventilación (para evitar que se empañen las lentes).
A ver si sale algún análisis comparando ambos modelos y vamos teniendo más información.
Aquí os pongo un vídeo de nuestros amigos de Andro4all en el que Jaume nos da unas primeras impresiones de las VR para el S6