La diferencia es que la aplicación original de Samsung y el Enhanced Email que dice el compañero PrinzezaX permiten configurar cuentas ActiveSync Exchange, las cuales reciben los correos de la forma PUSH (autoáticamente, como las Blackberry), sin tener que poner ningún tiempo de actualización.
El K9 mail sólo permite cuentas POP3 y las del tipo Gmail (que también son PUSH), por lo que es lógico que si tienes configurado la aplicación Email del SGS con una cuenta Hotmail del tipo Exchange recibas los correos instantáneamente, mientras que con el K9 Mail tengas que esperar a que el programa busque correos nuevos.