Seguramente, casi seguro!! que sea problema con tu operador de telefonía. A mí me ocurría con Yoigo hace tiempo hasta que me cambié de compañía.
Generalmente se debe a que algunos operadores, si no hay actividad tras un determinado tiempo, te desconectan de la red de datos (no de voz) y el terminal no es capaz de despertar del modo Deep Sleep cuando intenta entrar una notificación push. No ocurre con todos los terminales conectados a un mismo operador, por éso despista un poco.
¿Te ocurre con otras notificaciones tipo Gmail, Yahoo, etc?
La forma de estar seguro es poniendo la SIM de otro operador y esperar el mismo tiempo a ver si entran las notificaciones WhatsApp. Así lo hice yo y por eso sé dónde estaba el problema.
Suerte y saudos