Yo tengo un mi2s tengo las particiones diferentes a ti ademas tengo 32GB
la tabla la deberias tener como esta que te pase en un enlace.
http://androidfandom.com/how-to-resi...aomi-mi-3.html
Por cierto no se si lo habras solucionado pero primary son obligatoriamente system y system1 la de userdata si no te deja ponerla como primary tienes que ponerla como logical.
Si no te ha dado ningun error al borrarlas y formatearlas deberias flashear desde el recovery o desde miflash para ver si ahora si que te deja