Pueeeeees.. que yo sepa no, igual si tienes suerte te topas con algún tema que los tenga transparente, pero es dificil.
Lo que sí teno yo es un módulo que cambia el bolor de la barra de abajo según el color de la de arriba,por ejemplo, en twitter azul, en whatsapp verde, instagram azul oscuro... que combinado a un módulo que cambia también el color del teclado de Google según la app queda bastante bien