Hola, no soy un experto, pero hasta donde he visto en este y otros foros te podría decir que:

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_chokolo_
1) No perdí por lo visto la señal pero no se a que se debió, ya que unas personas dicen que a la hora de flashear debí de poner en Exclude la opcion "BASEBAND" cosa que no hice así que ¿que podría pasar si no la marque?

Hay personas que han reportado que ellos no perdieron nada y que no hay problema. Si tu telefono saca y recibe llamadas y puedes navergar con la señal de telcel a 4g entonces no tienes de que preocuparte.

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_chokolo_
2)Después quise buscar el firmare de telcel de este modelo (D5316) el cual nuca lo encontré lo busque
http://xperiafirmware.com y tambien en el programa XperiFirm ( en el programa si aparece el modeo D5316 mas no de la compañia de telcel, solo de movistar y otro par de USA) ¿Como podría recuperar el firmware que traía?

Yo me enfrenté al mismo problema y no encontré en ningún lado el FW original. Al parecer ya lo perdimos para siempre.

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_chokolo_
3) ¿Cual es la diferencia que hay entre los modelos D5303, D5306, D5316?

NO estoy 100% seguro, pero creo que son lo mismo, solo los nombran distinto para los distintos mercados. Pero es muy probable que me equivoque.

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_chokolo_
4)¿No pasa nada si le metí este firmware del modelo D5303 al D5316?

Si te funciona bien, entonces no hay problema. Mejor cuentanos que tal te está funcionando.

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_chokolo_
5)¿Como saber si me funciona el 3G/4G sin problemas por los mismo de la baseband?

Simplemente desactiva el WiFi y activa los datos y ponte a navegar por internet. Checa que tipo de señal estas recibiendo y puedes probar la velocidad de carga y descarga para verificar. Antes revisa que en los settings hayas puesto a LTE como red preferida.

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_chokolo_
6)¿Porque telcel no libero Kitkat para este modelo?

En mi opinión: Por culeros! Es común que Telcel no libere todas las actualizaciones.

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_chokolo_
7 )Por ultimo ¿Que me recomiendan hacer?

Si te funciona no le hagas nada. Por otro lado, si detectas algún problema (verifica que no se deba a algún programa o al mismo Lollipop) y siempre puedes bajar el FW del 5316 o el de telcel del 5306.
Nuevamente, cuentanos que tal te esta funcionando el Lollipop en tu 5316.